Добрый день!
Какой из распространенных форматов карт можно считать наиболее гибким согласно следующим условиям:
- наличие стандартных классификаторов (согласующихся с классификаторами Роскартографии и ТС ВС);
- условия использования и простота конвертации (платно/бесплатно, разрешена ли конвертация в другие форматы)?

Не знаю как там Роскартографии, но мне нравится MID/MIF, смотри в MapInfo

А чем он лучше/хуже shp/dbf ?
Конверторов из/в shp немало. При желании с shp даже можно работать в реалтайме как с БД.