Столкнулся с ситуацией, что карты нормально отображающиеся на ПК в Ozi, выглядят плохо на КПК - при открытии карты приходится сразу же уменьшать ее раза в 3-4.
Я так понимаю, что у нее очень большой размер в пикселях и его можно поменять в jpg файле.

Какой оптимальный размер в пикселях должен быть у карты для работы с ней в Ozi CE на КПК ?

Вероятно дело вкуса. В твоем случае в 3-4 раза меньше исходного размера.

Вес файла может увеличится, но OziСЕ шевелиться будет намного быстрее.

OziCE поддерживает какие-то форматы, кроме ozf и ozf2?

Вообще-то имеет смысл говорить об оптимальном разрешении относительно бумажного исходника, а не о пропорции по отношению к размеру на ПК. Поскольку на ПК карты тоже могут быть с разным разрешением, и могут при этом хорошо выглядеть.