Ставил я OZI по инструкции с ne-grusti.narod.ru. Забивается файл datum Пулково 42. Но если я загружаю космоснимок с WGS84 - то не возникает ли несоответствие?
И если это не правильно, то как правильно?

куда ставил? во что? для карт? для снимков? каких?

Ставил файл датум. Ставил сначала для номенклатурных листов Башкирии. А потом уже пошли снимки и др. карты.

Слишком мало информации.
Датум привязки пулково 42 д.б у номенклат карт на проекции гаусса крюгера, а у космоснимков датум или географический lat-lon или utm обычно на проекции WSG84.

А уж отображать озик карту может в любом датуме из этих.

Озя и так понимает Пулково

Не понятно что несоотвествия чего?
Если про данные из ГПСа, то ОЗИ пробразовыает координаты без проблем. Инфа о датеме карты берёться из МАР файла. То что ты поставил Пулково в настройках ОЗИ означает что координаты будут выводиться во всех меню ОЗИ в Пулково.