Отсутствие разрешения на эксплуатацию может привести не только к административной ответственности, связанной с незаконным использованием РЭС, но и к более серъезным последствиям в виде обвинения в сборе сведений, составляющих государственную тайну.╘
Значит при наличии разрешения можно собирать сведения составляющие государственную тайну..

Думается, что так глубоко этот вопрос законодатели не рассматривали

На сколько я помню из прочтения правил, при правильном получении разрешения необходимо в заявлении указывать предполагаемые даты и места использования GPS. Так вот, если ты оказался там, где указывал, то собирать сведения получается можно. А вот если нет, то можно считать, что разрешения и нет вовсе.
Можно ли появляться в указанных в заявлении местах с GPS или нет должны проверять сами органы (которые выдают разрешения) еще на стадии рассмотрения заявления.

Получается что в независимости от того имеется разрешение или его нет , дело все равно выиграет государство , так же как с огнестрельным оружием, где ты должен доказать что на тебя совершалось нападение, получается полный абсурд, если ты находясь в лесу с официальным GPS вдруг заблудился и вышел на ракетную точку, которой кстати на карте нет , и был задержан охраной, предстать перед судом за шпионаж очень даже просто